本作的前半部份發生于《生化危機2》之前,女主角吉爾于洋館事件后,一直調查有關安布雷拉公司的地下業務。當時美國聯邦政府決定以核彈徹底毀滅浣熊市,吉爾于是展開她的逃亡之旅。在逃亡期間,她受到安布雷拉公司歐洲分部派來浣熊市的生物武器追擊者(Nemesis)追殺,并且遇上了隸屬于Umbrella Biohazard Countermeasure Service(UBCS)的男主角卡洛斯,以及UBCS成員Mikhail Victor、Nicholai Ginovaef。吉爾及卡洛斯逃至市政府時,吉爾不幸受到追擊者攻擊而感染了T-病毒,于是卡洛斯便到安布雷拉公司旗下的附屬醫院尋找解藥。




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